- a -

• activate() : MismatchTable
• add_fragment() : DirectionDetector
• add_hit() : Target
• add_map_end() : Fragment
• add_val() : LengthDistribution
• align_likelihood() : Target
• alpha() : Target
• append_output() : LengthDistribution , SeqWeightTable , MismatchTable , BiasBoss
• argmax() : FrequencyMatrix< T >
• asynch_bias_update() : TargetTable